Lietuvos Respublikos krašto apsaugos ministerija
Lietuvos Respublikos švietimo ir mokslo ministerija
Lietuvos Respublikos užsienio reikalų ministerija
Lietuvos gyventojų genocido ir rezistencijos tyrimo centras
Tarptautinių santykių ir politikos mokslų institutas
Lietuvos aukštosios mokyklos
Su šiomis valstybės valdymo, mokslo ir tyrimų institucijomis Komisija yra pasirašiusi bendradarbiavimo susitarimus.
Komisija įsipareigojo bendradarbiauti kaupiant informaciją apie nusikaltimus žmoniškumui ir dalytis ja su savo partneriais; nuolat pranešti savo partneriams apie veiklą ir dalytis informacija apie atliekamus tyrimus; konsultuoti klausimais, susijusiais su Komisijos veikla ir tyrimais; organizuoti seminarus ir diskusijas jautriomis istorijos temomis pagal Komisijos atliekamus tyrimus; bei spausdinti Komisijos ir jos partnerių darbų, susijusių su Komisijos tyrimų objektu, rezultatus.
Komisija ir jos partneriai pagal bendradarbiavimo susitarimus siekia, kad: