Komisijos personalinė sudėtis ir jos pirmininkas – Nepriklausomybės Akto signataras Emanuelis Zingeris – yra patvirtinti Lietuvos Respublikos Prezidentės Dalios Grybauskaitės 2012 m. spalio 16 d. dekretu. Komisijos nariai savo pareigas atlieka visuomeniniais pagrindais.
Siekiant nubrėžti takoskyrą tarp nacių okupacinio režimo ir sovietinio okupacinio režimo nusikaltimų, dekretu yra pavedama sudaryti dvi atskiras ir nepriklausomas pakomises. Įgyvendindami šią nuostatą Komisijos nariai yra pasiskirstę į Nacių okupacinio režimo nusikaltimų ir Holokausto įvertinimo pakomisę, kuriai vadovauja prof. Saulius Sužiedėlis, ir Sovietinio okupacinio režimo nusikaltimų įvertinimo pakomisė, kuriai vadovauja Dr. Arvydas Anušauskas.
Komisija savo darbą ir veiklą organizuoja vadovaudamasi 2000 m. birželio 2 d. patvirtintu Darbo reglamentu.
Komisijos darbą organizuoja ir koordinuoja Komisijos sekretoriatas, kuriam vadovauja Komisijos vykdantysis direktorius Ronaldas Račinskas. Sekretoriatas yra biudžetinė įstaiga, įsteigta Lietuvos Respublikos Vyriausybės ir veikianti pagal Vyriausybės patvirtinus Sekretoriato nuostatus.