Tarptautinės komisijos misija, darbo tikslai ir metodai buvo detalizuoti 1999 m. kovo 2d. pareiškime dėl Komisijos tikslų. Galima išskirti tris pagrindines veiklos kryptis:
Tyrimai ir istorinės tiesos atkūrimas
Objektyvūs išlikusiais dokumentais bei archyvine medžiaga paremti tyrimai turėtų užpildyti moderniosios Lietuvos istorijos spragas, panaikinti izoliaciją nuo Vakaruose vykdomų pažangių istorijos tyrinėjimų ir išvadų.
Komisija siekia bendram tikslui suburti Lietuvoje ir kitose pasaulio šalyse veikiančias panašias organizacijas.
Švietimas
Komisija viešina ir platina sukauptą informaciją, informuoja šalies gyventojus, ypač jaunimą, apie nacių ir sovietinės okupacijų nusikaltimus ir jų pasekmes Lietuvos visuomenei bei tarptautinei bendruomenei.
Naujos modernios istorijos žinios turi tapti organiška mūsų visuomenės požiūrio į savo praeitį dalimi, todėl Komisija stengiasi pasiekti kiekvieną atvirą pažangai ir naujam mąstymui Lietuvos žmogų, rengdama šviečiamąją medžiagą, seminarus, konferencijas, spausdindama įvairias publikacijas, leidinius.
Konsultacijos
Komisija yra atsakinga už naujus nacių ir sovietinio okupacinių režimų nusikaltimų Lietuvoje tyrimus, o jos tarptautinis pobūdis sudaro sąlygas suderinti Lietuvos ir užsienio valstybių požiūrius į okupacinį Lietuvos istorinį tarpsnį.
Siekdama pasidalyti patirtimi bei įprasminti savo darbą Komisija taip pat teikia konsultacijas valstybės vadovams, supažindina kitus pareigūnus su atliekamais darbais, dalijasi bei keičiasi informacija su kitomis šalies valstybinėmis institucijomis ir nevyriausybinėmis organizacijomis.
