Nacių okupacijos nusikaltimų ir Holokausto tematika:
Truska, Liudas ir Vygantas Vareikis. Holokausto prielaidos: antisemitizmas Lietuvoje. Vilnius: Margi raštai, 2004.
Knygoje pirmą kartą remiantis istorijos faktais, archyvų šaltiniais ir retais autentiškais dokumentais analizuojamos antisemitizmo apraiškos kasdieniniame Lietuvos gyvenime, spaudoje, literatūroje, parodoma, kaip jos transformavosi dramatiškų politinių permainų metais ir prasidėjus Holokaustui Lietuvoje. Knygoje spausdinama keliasdešimt retų dokumentų, autentiškai bylojančių apie antisemitizmo apraiškas. Tekstai spausdinami lietuvių ir anglų kalbomis.
Dieckmann, Christoph, Vytautas Toleikis ir Rimantas Zizas. Karo belaisvių ir civilių gyventojų žudynės Lietuvoje. Vilnius: Margi raštai, 2005.
Knygoje spausdinamos trijų autorių istorinės studijos, kurių tyrimo objektas – Antrojo pasaulinio karo belaisvių nacių stovyklose, čigonų ir kitų civilių gyventojų (daugiausia sovietinių aktyvistų|) žudynės Lietuvoje. Remdamiesi archyviniais Lietuvos, Latvijos, Rusijos ir Vokietijos dokumentais ir kitais šaltiniais, autoriai siekia kuo tiksliau nustatyti aukų skaičių ir apibrėžti minėtų žmonių kategorijų žudymo mastą nacių okupuotos Lietuvos teritorijoje. Tekstai spausdinami lietuvių ir anglų kalbomis.
Dieckmann, Christoph ir Saulius Sužiedėlis. Lietuvos žydų persekiojimas ir masinės žudynės 1941 m. vasarą ir rudenį. Vilnius: Margi raštai, 2006.
Šios istorinės studijos autoriai, remdamiesi Lietuvos, Latvijos, Rusijos, Vokietijos bei JAV archyvų dokumentais ir kitais šaltiniais, atskleidžia žydų masinių žudynių organizavimo mechanizmą nacių – sovietų karo pradžioje Lietuvoje, analizuoja lietuvių dalyvavimo žydų genocide aplinkybes. Taip pat autoriai siekia kaip galima tiksliau nustatyti žydų aukų skaičių. Kartu spausdinamas didelis pluoštas archyvinių dokumentų bei nuotraukų. Tekstai spausdinami lietuvių ir anglų kalbomis.
Arūnas Bubnys. Holokaustas Lietuvos provincijoje 1941 metais. Vilnius: Margi raštai, 2021.
Tarptautinės komisijos nario dr. A. Bubnio knyga yra kruopštaus ilgamečio darbo rezultatas. Joje pateikiama susisteminta informacija apie Lietuvos miestuose bei miesteliuose gyvenusias žydų bendruomenes ir jų tragišką likimą nacių okupacijos metais.
Sovietinės okupacijos nusikaltimų tematika:
Jakubčionis, Algirdas, Stasys Knezys ir Arūnas Streikus. Okupacija ir aneksija. Pirmoji sovietinė okupacija. Vilnius: Margi raštai, 2006.
Knygoje spausdinamos trijų istorikų studijos apie tragiškus pirmosios sovietinės okupacijos 1940–1941 m. Lietuvoje padarinius. A. Jakubčionio darbe aptariama Lietuvos vidaus politinė padėtis okupacijos išvakarėse, SSRS rengiamas karinis okupavimo planas, rinkimų į vadinamąjį Liaudies seimą organizavimas kaip priemonė aneksijai ir sovietizacijai. S. Knezys detaliai analizuoja Lietuvos kariuomenės likvidavimo eigą ir parodo represijų prieš karininkus ir karius mastą. Daugiausia dėmesio skiriama 29-ojo šaulių teritorinio korpuso likimui. A. Streikus savo darbe aptaria religinio gyvenimo žlugdymo peripetijas. Didžiąją knygos dalį sudaro archyviniai dokumentai, akivaizdžiai liudijantys okupacijos brutalumą. Tekstai spausdinami lietuvių ir anglų kalbomis.
Anušauskas, Arvydas. Teroras ir nusikaltimai žmoniškumui. Pirmoji sovietinė okupacija. Vilnius: Margi raštai, 2006.
Knygoje spausdinamos trys istorinės studijos, skirtos pirmosios sovietinės okupacijos metu pradėto Lietuvos gyventojų teroro ir genocido mastui nustatyti. Pirmojoje studijoje remiantis gausiais archyviniais dokumentais aptariami areštai ir kitos prievartos formos. Antrojoje – tremtis, trečiojoje – kariškių ir civilių gyventojų žudynės. Tekstai spausdinami lietuvių ir anglų kalbomis.
Maslauskienė, Nijolė ir Inga Petravičiūtė. Okupantai ir kolaborantai. Pirmoji sovietinė okupacija. Vilnius: Margi raštai, 2007.
Knygoje spausdinamos dvi studijos, skirtos trumpam, bet dar mažai tyrinėtam tragiškam XX a. Lietuvos istorijos tarpsniui nušviesti. Vienoje iš jų tyrinėjama okupacinės politikos sistema, kitoje – represinių struktūrų organizavimas ir funkcionavimas. Kartu, remiantis konkrečiais faktais ir dokumentais, plačiai nušviečiami kolaboravimo su okupacine valdžia nusikalstami atvejai. Nemažą knygos dalį sudaro archyvinių dokumentų publikacijos. Tekstai spausdinami lietuvių ir anglų kalbomis.
Tininis, Vytautas. Sovietų sąjungos politinės struktūros Lietuvoje ir jų nusikalstama veikla. Antroji sovietinė okupacija. Vilnius: Margi raštai, 2008.
Knygoje, remiantis gausiais archyviniais dokumentais, autorius analizuoja, kaip pokario metais okupacinė valdžia kūrė represines politines struktūras, kurios turėjo padėti įdiegti totalitarinį komunistinį režimą Lietuvoje. Plačiai nušviečiama tokių politinių struktūrų kaip LKP (b), VKP (b), CK Lietuvos biuro, komjaunimo ir apskritai visos partinės nomenklatūros nusikalstama veikla: areštai, fizinis teroras, trėmimai, prievartinė gyventojų sovietizacija. Kartu išryškinami konkretūs nusikalstamos veiklos organizatoriai, vykdytojai ir jų talkininkai kolaborantai. Tekstai spausdinami lietuvių ir anglų kalbomis.
Tininis, Vytautas. Komunistinio režimo įtvirtinimas Lietuvoje ir jo nusikaltimai. Antroji sovietinė okupacija. Vilnius: Margi raštai, 2009.
Knygoje išsamiai analizuojama, kaip okupacinės valdžios sukurtos politinės struktūros, siekdamos įtvirtinti komunistinį režimą Lietuvoje, naudojo nusikalstamas prievartos priemones prieš Lietuvos gyventojus, versdamos juos paklusti įvairioms politinėms akcijoms. Didžiąją knygos dalį sudaro archyvinių dokumentų publikacijos. Tekstai spausdinami lietuvių ir anglų kalbomis.
Kiti leidiniai. Nacių okupacijos nusikaltimų ir Holokausto tematika:
Žemėlapis „Lietuvos žydų gyvenami miestai ir miesteliai XIX a. pabaigoje“ (2003 m.)
Istorijos iš praeities. Spaudvita, 2016.
Kodėl, ko ir kaip reikia mokyti apie Holokaustą? Gairės dėstantiems Holokausto temą. Spaudvita, 2016.
Filmas „Kas yra tolerancija?“ (2014 m.)
Ekskursija Vilniaus senamiestyje. Istorija geto liudininkės akimis. Spaudvita, 2013.
Dokumentinis filmas „Raudonieji metais“ (2011 m.)
Dokumentinis filmas „Dėdė Chackelis“ (2000 m., režisierius R. Freedmanas)